影響因子現(xiàn)已成為國際上通用的期刊評價指標，它不僅是一種測度期刊有用性和顯示度的指標，而且也是測度期刊的學術(shù)水平，乃至論文質(zhì)量的重要指標。影響因子是一個相對統(tǒng)計量。
一、學科間差異的影響
不同的學科由于其內(nèi)在科研規(guī)律的不同，在做研究時所需引用他人的研究成果的數(shù)量也相差很遠，因而導致不同學科間統(tǒng)計的影響因子平均值差別較大。
二、不同體裁論文的影響
文獻綜述性文章是對前人研究成果的客觀評價與分析，包含的內(nèi)容多，涉及到的文獻多，對后人進行同類科學研究具有指導性意義。但客觀評價，綜述性文章與原創(chuàng)性科學研究論文相比，其學術(shù)性較低。但正是由于綜述性文章后引用文獻較多，對后來的研究者有幫助而導致其被引頻率較高。如果某期刊發(fā)表的論文中文獻綜述性文章所占比例較高，則其影響因子會明顯高于一般的研究性論文。這樣導致的影響因子高并不代表期刊真實的學術(shù)影響力，因此評價期刊時還應考慮到期刊中文獻綜述性文章所占的比例。
三、期刊類型的影響
自然科學類期刊大致可分為學術(shù)類期刊、技術(shù)類期刊、研究進展類期刊和科普類期刊4類。每一類期刊由于各自發(fā)表的論文類別不同，引用率與引用習慣各不相同，導致每類期刊間的影響因子差別較大。如能源類共有37種期刊，平均影響因子為0.275，其中8種學術(shù)類期刊（指該類別中的高校學報類，不含專業(yè)性學術(shù)期刊）的平均影響因子僅為0.181，其余的29種期刊（大多為技術(shù)類）平均影響因子則達到0.301。我們曾對中國科技期刊引證報告（2004年版）中的研究進展類期刊進行了不完全統(tǒng)計，20種綜述類期刊影響因子的平均值為0.523，遠高于該書統(tǒng)計的1576種期刊的平均影響因子。
四、刊文數(shù)量與作者數(shù)量的影響
期刊刊文數(shù)量越多被其他期刊引用的可能性就越大期刊的影響因子也就越高。但是，由于影響因子是被引用文章數(shù)與期刊發(fā)表文章總數(shù)的比值，所以期刊的影響因子受刊文數(shù)量的影響不大。期刊的作者數(shù)量則與影響因子成正比。因為科學研究具有繼承性，某一作者的研究方向一般是固定的，同一研究方向可能產(chǎn)生若干篇論文，后續(xù)文章大多參考作者本人已發(fā)表的論文，因此期刊的作者數(shù)越多，影響因子也越大。
五、統(tǒng)計時間段的影響
一般影響因子的統(tǒng)計時間段為2年。如果統(tǒng)計時間段取為5年，由于時間跨度大，又有很多因素影響期刊的引用次數(shù)，有可能導致期刊影響因子的排序發(fā)生變化。如期刊在某年發(fā)表一篇重要的論文被廣泛引用，若引用鼎盛期位于統(tǒng)計期內(nèi)，則影響因子就大；另外期刊更名，在統(tǒng)計期較短的情況下可能使影響因子下降，但統(tǒng)計期較長時則不會產(chǎn)生太大的影響。
六、收錄樣本數(shù)量的影響
目前科技期刊影響因子的統(tǒng)計機構(gòu)有2個，一是中國科技信息研究所，另一個是清華大學中國學術(shù)期刊光盤版電子雜志社和中國科學文獻計量評價研究中心。前者2004年的統(tǒng)計樣本期刊為1576種，后一種統(tǒng)計樣本為5716種。顯而易見，統(tǒng)計樣本越多，統(tǒng)計到的被引次數(shù)應該越多，影響因子也就越大。
七、編輯部引文動機的影響
由于多年來各科研和評價機構(gòu)已把期刊的影響因子作為衡量期刊學術(shù)水平的重要指標，從而導致個別編輯部為了提高該指標而采用一些非正常手段，造成期刊的“聚引”和“爆引”。所謂“聚引”是指幾個編輯部之間達成協(xié)議，相互之間多引用彼此的文章；“爆引”是指編輯部無視作者的權(quán)利，在不經(jīng)作者同意的情況下將本刊已經(jīng)發(fā)表過的文章強行作為作者將要發(fā)表的內(nèi)容相關(guān)的文章的參考文獻。因此，在對期刊進行學術(shù)評價時，不僅要參考影響因子，還要同時參考他引率和擴散因子等指標，以防止這種惡意引用現(xiàn)象的發(fā)生。
八、作者引文動機的影響
作者發(fā)表文章時一般參考自己先期發(fā)表的與之研究相關(guān)的文章，這是科研成果的繼承性決定的，也是可以理解的。但在目前對學術(shù)論文評價機制不太健全的情況下，尤其是有的單位將發(fā)表的論文被引用的次數(shù)作為對作者獎勵和晉級的指標，個別作者動機不純，同課題組間互相引用，甚至是與本研究不相關(guān)的也濫加引用，這有可能導致期刊影響因子的提高，但這種提高是不能說明期刊和其上的論文的學術(shù)水平的，且對凈化學術(shù)環(huán)境也是極為不利的。
